物证缺失但有人证，需补充侦查确保证据充分。依据《刑事诉讼法》，证据需确实充分才能定罪，缺乏物证可能影响案件定性，甚至导致冤假错案。
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物证缺失可加强人证。操作：1.深入审查人证证言，确保其真实可靠；2.尽力寻找其他物证或线索，如视频监控、痕迹等；3.必要时申请延期审理，以便更充分收集证据；4.若人证足够强且其他证据辅助，可依法提起公诉。
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强奸罪案件物证缺失时，常见处理方式为加强人证审查，并尽力补充其他证据。选择处理方式需根据案情实际情况，综合考虑人证可信度及其他证据线索。